पोखरा नेपालका पश्चिमी क्षेत्रका भौगोलिक दृष्टिले महत्त्वपूर्ण शहर हो, जसको भौगोलिक अवस्था विशेषगरी प्राकृतिक विपद्बाट प्रभावित हुने छ। पश्चिमी नेपाल अत्यधिक जनसंघन र प्राकृतिक आपदाहरूको उच्च जोखिममा रहेको क्षेत्र मानिन्छ, र पोखरा विशेष रूपमा भूकम्प र बाढी जस्ता विपद्बाट अत्यधिक प्रभावित हुने क्षेत्र हो, किनभने सेती गण्डकी नदी शहरको बीचबाट बग्दछ। उदाहरणका लागि, २०१५ को नेपाल भूकम्पमा यो क्षेत्र ठूलो क्षति पुगेको थियो।
पोखरा सेटि गण्डकी उपत्यकाको उत्तरपश्चिमी कुनामा अवस्थित छ, जसले यसलाई हिमालय क्षेत्रको एक अंग बनाउँछ। यहाँका पर्वतहरू अत्यन्त तीव्र ढंगले उठेका छन् र ३० किलोमिटरको दुरीमा समुद्र सतहबाट १,००० मिटरबाट ७,५०० मिटर (३,३०० देखि २४,६०० फिट) उचाइमा परिवर्तन हुन्छ। यस तीव्र उचाइ परिवर्तनको कारण पोखरा क्षेत्र विश्वका उच्चतम वर्षा क्षेत्रहरू मध्ये एक बनिएको छ, जहाँ वार्षिक वर्षा ३,३५० मिमि (१३१ इन्च) देखि ५,६०० मिमि (२२२ इन्च) सम्म भिन्नता देखिन्छ।
पोखरा शहरको उत्तर र दक्षिणमा वर्षाको अन्तर स्पष्ट रूपमा देख्न सकिन्छ, जहाँ पर्वतका खाँदामा पर्ने उत्तर क्षेत्रमा बढी वर्षा हुने गर्छ। शहरको प्रमुख नदी, सेती गण्डकी, पोखराबाट बग्दछ र यसका सहायक नदिहरूले शहर र वरपरका क्षेत्रहरूमा क्यान्यन र गहिरा घाटीहरू बनाएका छन्। सेतीको क्यान्यन शहरबाट उत्तरदेखि दक्षिणसम्म र पछि पश्चिमदेखि पूर्वसम्म फैलिएको छ, र कतिपय स्थानमा यी क्यान्यनहरू मात्र केही मिटर चौडा छन्। उत्तर र दक्षिणका क्यान्यनहरू भने विस्तृत छन्।
शहरको दक्षिणी भागमा, पोखरा फेवा तालको किनारमा अवस्थित छ, जसको उचाइ लगभग ८०० मिटर (२,६०० फिट) हो, जबकि उत्तरमा, लुम्ले गाउँको उचाइ १,७४० मिटर (५,७१० फिट) छ, जुन अन्नपूर्ण पर्वत शृंखलाको आधारसँग जोडिएको छ। पोखरा, जसलाई "तालहरूको शहर" पनि भनिन्छ, नेपालको दोस्रो ठूलो शहर हो। यहाँबाट धौलागिरी, अन्नपूर्ण र मानेसलु जस्ता ८,००० मिटर उचाइका पर्वतहरूको दृश्य देख्न सकिन्छ। साथै, माछापुच्छ्रे पर्वत, जसको उचाइ ६,९९३ मिटर (२२,९४३ फिट) हो, पोखराबाट सबैभन्दा नजिकको शिखर हो।
पोखरा उपत्यकाको भूमिगत संरचना पनि विशेष छ, जसले गुफा निर्माणको लागि अनुकूल वातावरण प्रदान गर्छ। यहाँका केही प्रसिद्ध गुफाहरू पोखरा र आसपासका क्षेत्रहरूमा पाइन्छ। शहरको दक्षिणी भागमा, सेती गण्डकी नदीको एक सहायक नदी फेवा तालबाट बगेर पाताले छाँगो (डेभिज फॉल्स)मा हराउँछ र लगभग ५०० मिटर दक्षिणमा पुनः बाहिर आउँछ।
पोखरा एक प्राकृतिक रूपमा समृद्ध क्षेत्र हो, जहाँ पर्वतीय दृश्य, जलाशय, गुफाहरू र भूगर्भीय विशेषताहरूले यसलाई एक प्रमुख पर्यटकीय गन्तव्य बनाउँछन्।