संरचना:
अल्फाल्फा मोज़ेक भाइरस (AMV) को भिरियनमा आवरण (envelope) हुँदैन तर कोट प्रोटिनहरूद्वारा बनाइएको क्याप्सिड हुन्छ। यो क्याप्सिडमा २०-पक्षीय सममिति (icosahedral symmetry) हुन्छ, जसले गर्दा यो गोलो वा अलिकति लामो आकारको देखिन सक्छ। भाइरस कणको लम्बाइ विशेष रूपबाट ३० देखि ५७ नानोमिटरको दायरा भित्र रहन्छ।
AMV एक बहुकणीय भाइरस (multipartite virus) हो, जसको अर्थ यसमा धेरै छुट्टाछुट्टै कणहरू हुन्छन्। यो चार विभिन्न प्रकारका कणहरू मिलेर बनेको हुन्छ: तीन वटा बासिलिफर्म (छड-जस्ता) कणहरू र एउटा गोलाकार (स्फेरोइडल) कण। बासिलिफर्म कणहरूको व्यास झन्डै १८ नानोमिटर हुन्छ। AMV को बहुकणीय प्रकृतिले यसको पूरा संक्रमण क्षमताका लागि यी छुट्टाछुट्टै कणहरूको उपस्थिति आवश्यक बनाउँछ, जसले गर्दा यसको संरचना र प्रतिकृति चक्र एकल-भागीय भाइरसहरू (non-multipartite viruses) को तुलनामा बढी जटिल हुन्छ।
जीनोम:
अल्फाल्फा मोज़ेक भाइरस (AMV) को आनुवंशिक सामग्री तीनवटा रेखीय, सकारात्मक-संवेदनशील स्ट्रान्ड RNA (RNA 1, RNA 2, र RNA 3) र एक उप-जीनोमिक RNA (RNA 4) मा विभाजित छ। RNA 4 RNA 3 को नकारात्मक-संवेदनशील स्ट्रान्डबाट प्रतिलिपि तयार गरिन्छ।
RNA को कार्यहरू:
- RNA 1 र RNA 2: भाइरसको प्रतिकृतिका लागि आवश्यक प्रोटिनहरू कोड गर्छ।
- RNA 3: बिरुवा भित्र एक कोषबाट अर्को कोषमा भाइरसको गति सहज बनाउन आवश्यक प्रोटिन कोड गर्छ।
- RNA 4: भाइरल कोट प्रोटिन (क्याप्सिड) कोड गर्छ।
कोट प्रोटिनको भूमिका:
भाइरस RNA लाई समेट्न (encapsidate) मात्र नभई RNA प्रतिकृति आरम्भ गर्न पनि कोट प्रोटिन महत्त्वपूर्ण छ। यस प्रक्रियालाई जीनोम सक्रियता (genome activation) भनिन्छ। कोट प्रोटिन विना भाइरल RNA सङ्क्रामक हुँदैन, जसले RNA प्याकेजिङ र प्रतिकृति प्रक्रियामा कोट प्रोटिनको निर्णायक भूमिकालाई देखाउँछ। संक्रमण हुनको लागि, कोट प्रोटिनले RNA वा उप-जीनोमिक mRNA का 3' टर्मिनल क्रमसँग विशेष रूपमा सम्बन्ध गाँस्छ।
भाइरल कणका प्रकारहरू:
- बासिलिफर्म कणहरू: यी कणहरूले छुट्टाछुट्टै RNA 1, RNA 2, र RNA 3 समेटेका हुन्छन्।
- गोलाकार (स्फेरोइडल) कणहरू: यी प्रत्येकले RNA 4 का दुई प्रतिलिपिहरू बोकेका हुन्छन्।
जीनोमको कुल लम्बाइ:
AMV को पूर्ण जीनोम लम्बाइ 8274 न्युक्लियोटाइड (या उप-जीनोमिक RNA समेत गरी 9155 न्युक्लियोटाइड) हो। भिन्न-भिन्न RNA खण्डहरूको लम्बाइ:
- RNA 1: 3644 न्युक्लियोटाइड (3.65 kb)
- RNA 2: 2593 न्युक्लियोटाइड (2.6 kb)
- RNA 3: 2037 न्युक्लियोटाइड (2.2 kb)
- RNA 4: 881 न्युक्लियोटाइड (0.88 kb)
यो बहुकणीय संरचना र प्रत्येक RNA खण्डको कार्यात्मक भूमिकाले भाइरसको प्रतिकृति, गमन, र संक्रमित बिरुवाभित्र कुल सङ्क्रामक क्षमताका लागि आधार तयार गर्छ।
प्रतिकृति चक्र:
अल्फाल्फा मोज़ेक भाइरस (AMV) को प्रतिकृति चक्रलाई पाँच मुख्य चरणहरूमा विभाजन गर्न सकिन्छ:
प्रवेश र विघटन (Entry and Disassembly)
भाइरस बिरुवा कोषमा प्रवेश गर्छ, र कणहरू विघटन हुन्छन्। भाइरल क्याप्सिड प्रोटिन RNA अणुहरूको 3' अन्त्यमा रहेको कोट प्रोटिन बाइन्डिङ साइट (CPB) मा जोडिएर रहन्छ। होस्ट आरम्भ कारकहरू eIF4A, eIF4E, र eIF4G RNA को 5' क्याप संरचनामा बाँधिन्छन्, जसले प्रतिकृति प्रक्रिया सुरू गर्छ।
रेप्लिकेज प्रोटिनहरूको अनुवाद (Translation of Replicase Proteins)
कोट प्रोटिन एक आरम्भ कारकसँग अन्तर्क्रिया गरेर RNA 1 र RNA 2 को अनुवाद गराउँछ, जसबाट रेप्लिकेज प्रोटिन P1 र P2 बनिन्छन्। यी रेप्लिकेज प्रोटिनहरू भाइरल RNA सँग बाँधिन्छन्, जसले RNA लाई प्रतिकृतिका लागि तयार पार्छ।
RNA को टोनोप्लास्टमा लक्षित गरिनु (Targeting of RNA to the Tonoplast)
P1 र P2 RNA लाई टोनोप्लास्ट (बिरुवा कोषको भ्याक्योल घेरिएको झिल्ली) मा लक्षित गर्छन्। यो प्रक्रियाको क्रममा क्याप्सिड CPB बाट अलग हुन्छ। CPB को संरचना tRNA-जस्तो संरचना (TLS) मा परिवर्तन हुन्छ। P1/P2 TLS र हेयरपिन संरचना E बाट बनेको माइनस-स्ट्रान्ड प्रमोटरमा बाँधिन्छन्। यो जटिल संरचनाले ट्रान्सक्रिप्सन सुरू गर्न निर्देशन दिन्छ।
माइनस-स्ट्रान्ड RNA हरूको संश्लेषण (Synthesis of Minus-Strand RNAs)
माइनस-स्ट्रान्ड RNA हरू प्रतिकृति प्रक्रियाको एउटा हिस्सा रूपमा संश्लेषित गरिन्छ। यी RNA हरू प्लस-स्ट्रान्ड RNA जीनोमको उत्पादनको लागि टेम्प्लेटको रूपमा कार्य गर्छन्।
प्लस-स्ट्रान्ड RNA हरू र भाइरल प्रोटिनहरूको संश्लेषण; भिरियनको संयोजन (Synthesis of Plus-Strand RNAs and Viral Proteins; Virion Assembly)
अन्तिम चरणमा प्लस-स्ट्रान्ड RNA हरू र भाइरल प्रोटिनहरूको संश्लेषण हुन्छ। यी अवयवहरूले नयाँ भाइरल कणहरू (भिरियन) निर्माण गर्छन्, र प्रतिकृति चक्र पूरा हुन्छ।
यद्यपि AMV प्रतिकृति चक्रको सामान्य रूपरेखा बुझिएको छ, धेरै विस्तृत पक्षहरू अझै स्पष्ट छैनन्। अनुसन्धानकर्ताहरू प्रत्येक चरणको आणविक प्रणालीको अध्ययन गरिरहेका छन्, विशेष रूपमा भाइरल RNA र होस्ट कारकहरूबीचको अन्तर्क्रिया कसरी भाइरसको प्रतिकृति र गमनलाई सहज बनाउँछ भन्ने बुझ्नमा जोड दिएका छन्।