वन तथा वातावरण मन्त्रालयको सञ्चालन संरचना विभिन्न विभाग र उप-विभागहरूको समन्वयमा आधारित छ, जसले यसका कार्यहरूको कार्यान्वयन र निगरानी गर्छ। यी विभागहरूको प्रमुख उद्देश्य वन, वातावरण, र जैविक विविधताको संरक्षणसँग सम्बन्धित कार्यहरूको प्रभावकारी कार्यान्वयन सुनिश्चित गर्नु हो।
वन र माटो संरक्षण विभाग (Department of Forests and Soil Conservation) वनको संरक्षण र माटोको संरक्षणमा केन्द्रित छ। यस विभागले वन स्रोतको दिगो व्यवस्थापन, वन क्षेत्रको पुनर्नवीकरण, र माटोको अपरदन रोक्नका लागि विभिन्न योजनाहरू सञ्चालन गर्दछ। यस विभागको प्रमुख कार्य भनेको वन र माटोका स्रोतहरूको दीगो उपयोग र संरक्षण गर्नका लागि कार्यनीतिहरू बनाउनु हो।
वनस्पति स्रोत विभाग (Department of Plant Resources) वनस्पति र जैविक स्रोतहरूको अध्ययन र संरक्षणमा केन्द्रित छ। यो विभाग वनस्पति प्रजातिहरूको संरक्षण, शोध र विकास कार्यहरू गर्दै जैविक विविधताको सुरक्षा सुनिश्चित गर्दछ। यसले वनस्पति उत्पादन र वनस्पति आधारित उद्योगहरूको प्रोत्साहन पनि गर्छ।
वन अनुसन्धान र प्रशिक्षण केन्द्र (Forest Research and Training Centre) वन अनुसन्धान र व्यवस्थापनका लागि आवश्यक तालिम र अनुसन्धान कार्यहरू सञ्चालन गर्दछ। यो केन्द्र वन संसाधनहरूको दिगो उपयोग र संरक्षणका लागि वैज्ञानिक अनुसन्धान र दक्ष जनशक्ति विकासमा महत्त्वपूर्ण भूमिका निभाउँछ। यसले वन व्यवस्थापनका नवीनतम प्रविधिहरू र समाधानहरूमा आधारित तालिम र कार्यशालाहरू सञ्चालन गर्छ।
राष्ट्रिय निकुञ्ज र वन्यजन्तु संरक्षण विभाग (Department of National Parks and Wildlife Conservation) राष्ट्रिय निकुञ्ज र वन्यजन्तुहरूको संरक्षणका लागि विविध कार्यक्रमहरूको आयोजना गर्दछ। यस विभागले नेपालको वन्यजीव संरक्षण प्रयासलाई अगाडि बढाउँदै, राष्ट्रिय निकुञ्ज र संरक्षित क्षेत्रहरूको संरक्षण र व्यवस्थापनका लागि कार्य गर्दै छ। यसले वन्यजन्तुको अवैध शिकार र अवैध व्यापार रोक्नका लागि प्रयास गर्दछ।
वातावरण विभाग (Department of Environment) नेपालको वातावरणीय मापदण्डहरू सेट गर्ने र वातावरणीय संकटहरूको समाधान गर्ने कार्य गर्छ। यस विभागले जलवायु परिवर्तनको प्रभावको न्यूनीकरण, प्रदूषण नियन्त्रण, र वातावरणीय संरक्षणमा नीतिहरू बनाउँछ र कार्यान्वयन गर्दछ।
REDD कार्यान्वयन केन्द्र (REDD Implementation Centre) वातावरणीय संरक्षको लागि वनोपजको व्यापार र उत्सर्जनको कमी गर्ने योजनाहरू कार्यान्वयन गर्दछ। यो केन्द्रले जंगलहरूको कटान रोक्न र कार्बन उत्सर्जन घटाउनका लागि विकासात्मक योजनाहरू बनाउँछ जसले जलवायु परिवर्तनको प्रभावलाई न्यूनतम गर्न सहयोग पुर्याउँछ।
चुरे-तराई-मधेश संरक्षण विकास बोर्ड (President Chure Terai-Madhesh Conservation Development Board) चुरे क्षेत्र र तराई-मधेशको संरक्षणका लागि काम गर्दछ। यस बोर्डको उद्देश्य चुरे क्षेत्रको पारिस्थितिकी तन्तुहरूको संरक्षण गर्नु, जलस्रोतहरूको प्रबंधन गर्न, र बाढी तथा पहिरोको जोखिम न्यूनीकरण गर्नु हो।
यी सबै विभाग र केन्द्रहरूले वन, वातावरण, र जैविक विविधताको संरक्षणको लागि आपसमा मिलेर काम गर्दछन्, र यसका माध्यमबाट नेपालका प्राकृतिक स्रोतहरूको संरक्षण र दिगो विकासका लक्ष्यहरू हासिल गर्ने प्रयासमा रहेका छन्।