चन्द्रकान्त राउतको राजनीतिक यात्रा निकै संघर्षपूर्ण र उत्तरणशील रहेको छ। उनी २००७ मा "आलियन्स फर इन्डिपेन्डेन्ट मधेश" का संस्थापक अध्यक्ष थिए। यो संगठन मधेशी जनताको हक र अधिकारको लागि लड्नको लागि स्थापित भएको थियो, जसको उद्देश्य मधेशको स्वतन्त्रता प्राप्ति थियो। यस संगठनको म्यानिफेस्टोमा मधेशको स्वतन्त्रता, जातीय भेदभावको अन्त्य र राजनीतिक तथा सांस्कृतिक समानताको लागि काम गर्ने कुरा उल्लेख गरिएको थियो।
उनको यो आन्दोलन नेपालका पहाडी समुदायसँगको विवाद र दवाबमा पर्ने गरेको थियो। २०१४ मा सरकारसँगको द्वन्द्वको कारण राउतलाई राष्ट्रद्रोहको आरोपमा पक्राउ गरिएको थियो, जहाँ उनले आफ्नो अभिव्यक्तिका हकको लागि अनसन गरे। उनले ११ दिनको अनसन पछि सरकारको सहमति अनुसार आफ्नो अनसन टुंग्याए। त्यसपछि उनलाई २०१५ मा पुनः गिरफ्तारी गरियो जब उनी विराटनगरमा भाषण दिँदै थिए। यस पटक पनि उनको समर्थक र प्रहरी बीच हिंसात्मक झडप भएको थियो।